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对于一个疾病的诊断而言,其金标准都是病理检测等有一定有创性的指标检测,这种检测方法对于患者损伤极大,所以如果能在血液当中找到一个疾病相关的诊断指标的话,那对于诊断和随访而言就很有方便的。今天就给大家介绍两个用于筛选诊断标志物的数据库:AAgMarkers以及BBCancer
AAgMarkers
AAgMarkers是一个利用蛋白组芯片来寻找不同疾病之间血清学标志物的数据库。AAgMarkers目前支持12种疾病,分别是: 急性髓性白血病(AML)、阿尔茨海默病、基底样乳腺癌、Behcet's Disease 、早期帕金森病、肾移植、脑膜瘤、骨髓增生异常综合征、帕金森病、原发性胆汁性肝硬化、1型糖尿病和2型糖尿病
这个数据库包括两种检索模式:具体蛋白检索和疾病所有数据查看。
1 具体蛋白搜索
输入
我们需要数据的是 想要检索的蛋白同时选择想要查询的疾病即可。
我们输入PTCD2并在所有疾病中检索。
输出
- 首先得到的是这个蛋白在各个数据库中有差异的结果。同时也提供了下载的地方。
- 我们点击每个疾病前面的蛋白链接,可以得到其具体信息,其中主要包括:
- 蛋白的信息
2. 所有分析的数据库信息
3. 这个蛋白作为biomarker的具体信息以及相关分析的图形
2 疾病所有数据查看
由于数据库就只支持12种疾病,所以,我们只需要选择自己想要查看的数据库就行。
例如,我们点击: "Acute Myeloid Leukemia"。就可以看到所有的数据结果,同时选择下载就可以下载所有的结果了。
3 下载
这个数据库也提供了Download
功能。
但是原始数据的下载和之前那个 疾病所有数据查看 的结果是一样的。并不是原始数据的那种。所以如果想要原始数据在分析点儿什么的话,只能去GEO里面找相关数据集了。
BBCancer
首先从名字来说,这个数据库做的就是肿瘤相关的指标检测。这个数据库一共包括15种肿瘤的结果。另外的话,上面的数据库数据来源是蛋白质谱芯片,做的也是蛋白相关的指标。这个数据库使用的数据则是血液的二代测序或者芯片数据,所以找的是6种不同的RNA作为指标:分别是 messenger RNAs(mRNAs), Long non-coding RNAs(lncRNAs), microRNAs(miRNAs), circular RNAs(circRNAs), tRNA derived fragments(tRFRNAs) and Piwi-interacting RNAs(piRNAs) 。
这个数据库也提供了两种检索方式,具体信息检索以及已知标志物查看。
1 具体基因检索
这里我们需要提供的是基因名即可。如果不提供基因名则会显示所有结果。
同时,我们可以点击相对于的具体基因的肿瘤的结果,就可以看到详细的数据结果了。
2 已知标志物查看
另外这个数据库也整合了,已知的一些标志物,方便我们查看在其他肿瘤当中这些标志物是不是有意义。
我们只需要点击 Full Name
的链接就可以看到和上面一样的具体的结果了。这里就不展示了。
3 数据下载
这个数据库不仅提供了差异表达分析的结果下载,同时还提供了表达水平的结果下载。这样也方便我们进行自己的数据分析DIY了。
数据库总结
以上就是两个血清标志物相关的数据库。关于这些标志物的筛选,其实也是高通量测序的结果,只不过用的样本是血液而已。基本上如果要研究,也是需要进行验证的,如果有研究诊断标志物的可以去查查看。
PS:AAgMarkers这个数据库是17年发表的文章。。有需要查这个数据库的同学,建议把数据全部下载下来。。这么久了,说不准服务器快关闭了。
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